L'inchiesta Poseidon
È un'indagine lanciata nel maggio 2005 per un presunto uso illecito di denaro pubblico legato agli aiuti comunitari per 200 milioni di euro.

Associazione a delinquere finalizzata alla truffa è il reato ipotizzato dalla Procura di Catanzaro nei confronti del generale della guardia di finanza Walter Cretella-Lombardo, consigliere del vicepresidente dell'Unione europea e commissario europeo alla Giustizia, Franco Frattini. La Procura calabrese ha fatto perquisire l'abitazione romana dell'alto ufficiale ed il suo ufficio ad Ostia e sequestrato computer, cd rom e documentazione cartacea.

Le perquisizioni sono iniziate in seguito al ritrovamento a casa di uno degli indagati, Giovambattista Papello, ex sub-commissario per l'emergenza ambientale della Regione Calabria, di un biglietto da visita dell'ufficiale, con sopra scritto a mano il suo numero del telefono cellulare. A Papello furono trovate, tra l'altro, delle intercettazioni illegali di colloqui telefonici, risalenti al novembre 2004, dell'ex presidente dell'ANAS, Vincenzo Pozzi, con il segretario dei Democratici di Sinistra, Piero Fassino, e con Pietro Folena. Tra il materiale, gli investigatori trovarono anche il biglietto da visita del generale Cretella-Lombardo che comanda la Scuola di polizia tributaria delle Fiamme gialle, che ha sede ad Ostia, ed all'epoca comandava il secondo reparto della guardia di finanza addetto alla collaborazione internazionale e all'interscambio con le polizie di altri paesi. L'inchiesta Poseidon riguarda una serie di presunti illeciti nella gestione dei finanziamenti nella depurazione.

Tra gli altri sono indagati il segretario dell'UDC, Lorenzo Cesa, in qualità di socio di una società che avrebbe ricevuto un finanziamento per realizzare nel cosentino uno stabilimento per la produzione di dvd, poi realizzato soltanto in parte e nel quale non sarebbe mai stata avviata la produzione; l'ex presidente della Giunta regionale della Calabria, Giuseppe Chiaravalloti, attuale vicepresidente dell'istituto Garante per la privacy, l'ex assessore regionale all'Ambiente, Domenico Basile, uno degli uomini di punta di Alleanza Nazionale in Calabria. Le indagini condotte dai carabinieri ruotano attorno alla destinazione ed all'utilizzo di duecento milioni di euro ed hanno preso spunto dalla relazione del 2004 della sezione regionale di controllo della Corte dei conti.

L'OLAF, l'agenzia antifrode dell'Unione europea, ha contestato un reato di frode comunitaria a Papello, Cesa e Fabio Schettini, già segretario dell'ex ministro di Forza Italia Franco Frattini, oggi commissario europeo.

L'inchiesta è stata sottratta a De Magistris dal procuratore Mariano Lombardi per presunte irregolarità procedurali.

L'inchiesta SbP
L'inchiesta verte su contributi europei chiesti per l'avvio di una attività imprenditoriale in Calabria che avrebbe dovuto creare occupazione per 40 persone. Nell'inchiesta risulta indagato anche il segretario dell'UDC Lorenzo Cesa.

L'inchiesta Why not
Per approfondire, vedi la voce Why not.

L'inchiesta, chiamata Why Not dal nome di una società di lavoro interinale la cui attività rappresenta uno dei filoni principali dell'indagine, ha registrato un momento di svolta il 18 giugno 2007 quando il pm De Magistris ha fatto eseguire dai carabinieri 26 perquisizioni nei confronti di altrettanti indagati. Tra loro anche Pietro Scarpellini, consulente "non pagato", come precisò all'epoca Palazzo Chigi, della Presidenza del Consiglio. Nell'inchiesta risultano indagati, inoltre, Luigi Bisignani, consulente della Ilte spa, ed il senatore Giancarlo Pittelli, di Forza Italia. Un ruolo centrale nella vicenda sarebbe stato svolto dall'imprenditore Antonio Saladino, ex presidente della Compagnia delle opere della Calabria. L'inchiesta ruota attorno anche a presunti contatti tra Saladino e l'allora presidente della Commissione Europea Romano Prodi. Negli atti dell'inchiesta figurano anche alcune intercettazioni telefoniche riguardanti colloqui tra il ministro della Giustizia Clemente Mastella e l'imprenditore Antonio Saladino. Proprio Clemente Mastella ha chiesto il trasferimento di De Magistris e il CSM ha rimandato il trasferimento a dicembre 2007. Alla fine sia De Magistris che i suoi collaboratori sono stati rimossi dall'inchiesta creando un caso nazionale che ha fatto intervenire anche il Presidente della Repubblica Giorgio Napolitano. Il pm De Magistris e il ministro Mastella, per motivi opposti, sono stati entrambi oggetto di minacce.

Altri indagati nell'inchiesta sono il generale Paolo Poletti, capo di Stato Maggiore della Guardia di Finanza, Nicola Adamo (Ds), in quella fase vicepresidente della Regione Calabria, Mario Pirillo (ex-Margherita, poi Pdm), assessore regionale all'agricoltura e un consigliere regionale dei Ds, Antonio Acri.

Il 19 ottobre 2007 la procura di Catanzaro, nella persona di Dolcino Favi (avvocato generale dello Stato e procuratore generale reggente a Catanzaro) ha avocato a sé, per presunta incompatibilità, l'inchiesta, sottraendola a De Magistris. Il Pg facente funzioni ha inoltre disposto che la notizia venisse ufficialmente comunicata al P.M. solo il 22 ottobre. De Magistris dichiarerà infatti in un'intervista a Repubblica di esserne venuto a conoscenza dalla stampa.

L'inchiesta Toghe lucane
De Magistris sta attualmente indagando sul caso denominato Toghe lucane. Secondo il giudice un "comitato d'affari" comprendente politici, magistrati, avvocati, imprenditori e funzionari avrebbe gestito grosse operazioni economiche in Basilicata. La guardia di Finanza ha perquisito nei primi mesi del 2007 le abitazioni e gli uffici del sottosegretario allo Sviluppo economico, Filippo Bubbico (Ds), del procuratore generale di Potenza, Vincenzo Tufano, dell'avvocato Giuseppe Labriola e della dirigente della squadra mobile di Potenza, Luisa Fasano.

Le ipotesi di reato addotte da De Magistris sono quelle di abuso d'ufficio per Tufano; corruzione in atti giudiziari e associazione per delinquere per Labriola; abuso d'ufficio per Fasano; abuso d'ufficio, associazione per delinquere e truffa aggravata per il conseguimento di erogazioni pubbliche per Bubbico che è stato presidente della Regione Basilicata.

Nell'inchiesta sono indagati uomini politici, amministratori, imprenditori, funzionari e magistrati in servizio in Basilicata (fra questi ultimi, uno ha lasciato la magistratura e altri sono già stati trasferiti in altre sedi dal Consiglio Superiore della Magistratura).

Bubbico, si legge nel decreto di perquisizione redatto dal pm di Catanzaro De Magistris, è "il punto di riferimento politico apicale, unitamente ad altri appartenenti alla politica", nel "comitato di affari" al centro dell'inchiesta. L'inchiesta avrebbe messo in luce, sempre a carico di Bubbico - che è stato presidente della Giunta regionale della Basilicata nella passata legislatura - "una logica trasversale negli schieramenti", con il "collante degli affari".

Il ministro della Giustizia Clemente Mastella ha chiesto al Consiglio Superiore della Magistratura il trasferimento cautelare d'urgenza di De Magistris, per presunte irregolarità nella gestione del caso Toghe lucane.

Il trasferimento
Il 21 settembre 2007, il ministro della Giustizia Clemente Mastella ha chiesto al CSM il trasferimento cautelare di De Magistris e del procuratore capo Mariano Lombardi. La richiesta venne proposta a seguito dell'istruttoria condotta dagli ispettori del ministero negli uffici giudiziari di Catanzaro e di Potenza: gli ispettori ritennero di aver rilevato "gravi anomalie" nella gestione del fascicolo "Toghe lucane", contestando a De Magistris il suo rifiuto a riferire gli sviluppi dell'inchiesta al procuratore capo Lombardi.

Il CSM si è dapprima riservato di decidere il 17 dicembre 2007; successivamente ha rinviato la decisione, per approfondire ulteriormente la situazione, al 18 gennaio 2008. In tale data è stato disposto il trasferimento di Luigi De Magistris da Catanzaro e dalle funzioni di pubblico ministero: si tratta di una pena accessoria rispetto alla condanna principale di censura. La notizia è giunta, tra l'altro, il giorno seguente alle dimissioni del ministro Mastella.

De Magistris, contemporaneamente, è stato assolto dall'accusa di non aver adottato le misure necessarie per impedire la "fuga di notizie" sull'inchiesta Why Not e da quella di aver avuto "rapporti disinvolti" con la stampa.

Il provvedimento non è immediatamente operativo, quindi sarà subordinato alla pronuncia definitiva da parte delle sezioni unite civili della Corte di Cassazione, di fronte alle quali il pm potrà richiedere l'impugnazione del verdetto del CSM.

Interrogazioni parlamentari
Dal 2003 è oggetto di interrogazioni parlamentari che ne sostenevano l'incompatibilità ambientale e ne chiedevano l'allontanamento da Catanzaro. In una di queste interrogazioni l'allora senatore di Alleanza Nazionale Ettore Bucciero ha chiesto e ottenuto - nel gennaio 2006 - un'ispezione ministeriale a carico del PM. Provvedimenti avvenuti in concomitanza con due delle sue indagini, Poseidon e Why Not (entrambe sottrattegli), in cui stava indagando su personaggi politici di spicco, mafia e massoneria. L'attività del dottor De Magistris si è scontrata più volte con il mondo politico e parte della stampa ha sottolineato che da parte degli organi di potere vi sono stati tentativi di fermare le sue inchieste, altri giornali hanno invece criticato più o meno aspramente il suo operato. Sul tema, molto controverso, sono state presentate anche interrogazioni parlamentari a lui favorevoli, dal deputato Falomi di Rifondazione Comunista con risposta del sottosegretario Li Gotti in appoggio a Luigi De Magistris.

Arrivo in politica
Il 17 marzo del 2009, con un post sul blog di Antonio Di Pietro, Luigi De Magistris annuncia il suo arrivo in politica. Si unirà all'Italia Dei Valori per le elezioni Europee del 2009. Lasciando, così, "un lavoro al quale ho dedicato quindici anni della mia vita e che è stato il mio sogno, come ha detto qualcuno, la missione di questi anni". E rammenta che è "stato in qualche modo ostacolato" nelle attività di Pubblico Ministero "che non mi è più possibile esercitare da alcuni mesi. Quello che ancora mi inquieta di più, in questo momento storico, è l'attività di delegittimazione, di ostacolo e di attacco nei miei confronti e della mia professione, e nei confronti di tutti coloro che hanno cercato, in questi mesi, in queste settimane e in questi anni di accertare i fatti. Da ultimo, quello che è accaduto ai magistrati di Salerno che sono stati o sospesi o esiliati in altre parti del territorio nazionale.